日本における最初の模擬国連は、1983年、当時上智大学の教授を務めていた緒方貞子氏（元国連難民高等弁務官）によって始められました。

1980年代、日本においては一部の学生や学者の間でしか知られていなかった模擬国連ですが、今日ではその活動は全国に広まっています。関東関西には、それぞれ東京大学、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、京都大学、大阪大学などを中心とした計７つの研究会があるほか、北陸や九州などにも支部が存在し、全国で700人近い数の学生が日々模擬国連活動に取り組んでいます。また、30年にわたる活動の結果、多数のOBOGを外務省や国連機関、金融業界、IT業界、商社、製造業やNGOなど幅広い分野へ輩出してきました。

現在、日本模擬国連では全日本大会の他に3つの全国大会（8月の関西大会、9月の九州サマーセッション、11月の北陸大会）と、ニューヨークの国連本部で開催されている「模擬国連会議全米大会」への日本代表団の派遣事業を毎年主催しています。また、日中韓の大学生が模擬国連や文化交流を行う「日中韓ユースフォーラム」や、グローバル・クラスルーム日本委員会主催の高校生向けの模擬国連会議全日本大会が開かれるようになり、近年は大学だけでなく高校の授業や社会人のスキルアップの場においても、模擬国連が取り上げられるケースが増えるなど、日本において模擬国連は社会の様々な人々に取り組まれるようになってきています。